Nach Durchsicht des im April 2025 vorgelegten Koalitionsvertrages wirft Projekt 48 Union und SPD „religionspolitische Orientierungslosigkeit“ vor und fordert ein Neutralitätsgesetz sowie eine Meldestelle für religiöse und weltanschauliche Unduldsamkeit. Denn der Koalitionsvertrag weist große Defizite auf, was die Gleichbehandlung aller religiösen und weltanschaulichen Strömungen angeht. Trotz einer sich rasant verändernden Gesellschaft vertreten die zukünftigen Regierungsparteien auf dem Gebiet der Religions-und Weltanschauungspolitik ein Konzept des vollständigen Stillstands. Weder das Religionsverfassungsrecht solle weiterentwickelt werden noch seien irgendwelche Schritte geplant, bestehende Ungleichheiten zu beseitigen. Eine langfristige Sicherung der Religions- und Weltanschauungsfreiheit ist auf diese Weise nicht zu erreichen. Auf einige konkrete Versäumnisse und Schwächen geht Projekt 48 in einer Stellungnahme ein.

Gemeinsam mit dem Internationalen Bund der Konfessionslosen und Atheisten (IBKA) hat Projekt 48 im Januar 2023 in einem Brief an die Berliner Senatsverwaltung die Handlungsempfehlungen der Expert*innenkommission antimuslimischer Rassismus kritisiert. Auch an die drei an der Berliner Landesregierung beteiligten Parteien SPD, Grüne und Linke gingen entsprechende Schreiben.

Gemeinsam mit dem Internationalen Bund der Konfessionslosen und Atheisten (IBKA) hat Projekt 48 im März 2022 in einem Brief an mehrere Berliner Senator:innen eine Studie gefordert, die Übergriffe, die sich in religiöser Unduldsamkeit begründen, solide dokumentiert.

Hintergrund der Intervention ist die öffentlich ausgetragene Kontroverse um die „Bestandsaufnahme Konfrontative Religionsbekundungen in Neukölln“, die vom Verein Demokratie und Vielfalt in Schule und beruflicher Bildung (DEVI e.V.) im Auftrag des Bezirksamtes Neukölln durchgeführt wurde und seit Dezember 2021 vorliegt. Die darin dargestellten Ergebnisse zeigten deutlich, dass das Phänomen des  religiös motivierten Mobbings an Neuköllner Schulen präsent ist und für viele der Befragten spürbaren Einfluss auf ihren Schulalltag hat.
Die Bestandsaufnahme wurde umgehend heftig und teils ausgesprochen polemisch kritisiert, mit dem erkennbaren Ziel, die ins Auge gefasste Studie zu verhindern. Tatsächlich konnten sich in einer sehr polarisierten Debatte die Kräfte durchsetzen, die jegliche Kritik an Religion und ihren gesellschaftlichen Auswirkungen grundsätzlich unterbinden möchten: Es wurden keine Mittel für die Durchführung einer entsprechenden Studie bereitgestellt. Gerade in den Reihen der Regierungskoalition aus SPD, Bündnis 90/Die Grünen und Die Linke war kaum Bewusstsein für die Situation der Opfer religiös motivierten Mobbings erkennbar.
Um dies zu verändern, haben sich die beiden Organisationen an die Senatsverwaltung sowie die Parteigremien gewandt und die Durchführung einer entsprechenden Studie gefordert: „Gerade mit Blick auf Zugewanderte, die sich nicht religiös definieren oder ihre Religion selbstbestimmt interpretieren möchten, sehen wir die Gefahr einer doppelten Ausgrenzungserfahrung: Neben die rassistische Diskriminierung, die sie im Alltag immer wieder erleben, tritt seit einigen Jahren verstärkt religiös motivierte Diskriminierung. Nach unserem Verständnis hat der Staat die Aufgabe, Übergriffen aus der religiösen Rechten genauso entschlossen entgegenzutreten wie Übergriffen aus der rassistischen Rechten. Eine gut ausgestattete und klug angelegte Studie zur Erforschung des Phänomens des religiös motivierten Mobbings, die sich an den Bedürfnissen der Betroffenen orientiert, könnte eine Grundlage für präventives staatliches Handeln sein.“

Alis Beispiel für die Schreiben kann hier der Brief an die damalige Senatorin für Justiz, Vielfalt und Antidiskriminierung Dr. Lena Kreck heruntergeladen werden.